El Instituto Pablo VI abrió sus puertas el día 3 de marzo de 1994 con dos divisiones de 1º año. En cada una había 24 alumnos. El Ciclo Básico es el Plan 008 de la Provincia de Neuquén que tiene dos Talleres de Enseñanza Práctica: Técnicas de Estudio e Informática. Comenzó a funcionar en cuatro aulas que tenía el edificio parroquial. Contaba con un aula de informática y dos baños. En la Planta Baja había un Salón de usos múltiples, cocina, parrilla y una Radio FM de música clásica.
En 1995, cuando comenzaron los 2º años, se debió ocupar dos aulas de la Planta Alta que se utilizaban como oficinas. Se hizo un cerramiento para la Preceptoría y Dirección. El Salón de usos múltiples se transformó en dos aulas nuevas para los ingresantes del 3º año. También surgió ese mismo año una sala de video y una oficina para la administración y la biblioteca. A fines de noviembre de ese año comienza la obra de las oficinas que hoy son la Administración, Asesoría Pedagógica, Dirección y Rectoría.
A fines del año 1996 comienza la obra de dos aulas y sala de profesores en el primer sobre el sector de oficinas.
A fines del año 1997 se realizan ampliaciones de dos aulas y dos aulas más en el primer piso. Fue en ese mismo año cuando comenzó el Ciclo Superior con dos modalidades: Humanidades y Ciencias Sociales y Ciencias Naturales y Ecología. En 1999 se construyen dos aulas más, una en cada planta. La de planta alta se termina en ese año. La otra aula finaliza en el año 2000.
Cuenta con un Proyecto de Ingles con programas acordes a los niveles de la Cultural Inglesa, permitiendo de esta manera que los alumnos obtengan el certificado correspondiente a su nivel.
Nuestra escuela es una Institución dependiente de la Parroquia María Madre de la Iglesia de Alta Barda, es por ello que tiene una orientación con valores de la Doctrina Católica. Posee como materia Formación Religiosa y un Equipo Pastoral que facilita la participación del alumnado en actividad de servicio y pastoral. Nuestra escuela organiza viajes educativos para promover aprendizajes específicos e integrar a los grupos.
La primera promoción tuvo viajes en cada año. En el 1º año Campamento en Vista Alegre Norte (1994) , 2º año Puerto Madryn (1995), 3º año Campamento a Huechulafquen (1996), 4º año Villa Traful (1997) y 5º año a España (1998). Posteriormente se realizaron viajes a lugares que permiten el estudio del medio natural o Social y el tradicional viaje educativo de 4º año a las universidades. Para que lo económico no sea un impedimento de realizar un viaje, se busca realizar actividades que promuevan la solidaridad entre los padres y alumnos y permitan cubrir los costos del mismo.
Desde la Asesoría Pedagógica se realiza una tarea de orientación de alumnos de 5º año en referencia a la elección de su futuro universitario/ terciario y/o profesional.